蛋白標記方法需根據(jù)蛋白自身性質(zhì)和標記物類型建立相應的技術方案：
1、放射性同位素標記：具有靈敏度高、特異性強、適用性廣、定位準確等特點，常用的同位素包括125I、131I、32P等。同位素標記的關鍵在于，測定放射性強度的條件和合適的比活度。標記過程包括實驗準備、標記實驗及放射性廢物處理等階段。
2、熒光標記：將熒光材料與目標蛋白結(jié)合，形成熒光結(jié)合物。熒光材料包括熒光素（FITC、羅丹明、5-FAM等）、自發(fā)熒光蛋白、納米晶體材料（量子點）等。標記方法也根據(jù)各類熒光材料的不同性質(zhì)，有很大差異。
3、酶標記：常見標記用的酶分子包括辣根過氧化物酶、堿性磷酸酶及葡萄糖氧化酶等。采取的偶聯(lián)方法包括：戊二醛法、苯醌法、偶氮法等。
4、生物素（biotin）標記：生物素分子量小，對蛋白質(zhì)自身活性影響小，重要的是，生物素與親和素（avidin）有很高的親和力，可以大幅度提高檢測靈敏度。因此，生物素標記已成為一種常用而有效的蛋白標記技術手段。
5、其它標記方法：熒光蛋白可通過基因水平操作，將熒光蛋白基因與目的蛋白基因重組，再表達重組蛋白。納米顆粒還可通過物理方法吸附蛋白，形成標記物。
